Pregovori 

Godine 1939. Gandhi se vratio političkom životu. U dogovoru s Kongresom odlučio je da će podržati Veliku Britaniju u Drugom svjetskom ratu samo ako Indija dobije neovisnost. Zatočen je 1942. godine, te pušten na slobodu dvije godine kasnije zbog lošeg zdravlja. 

Churchill je 1942. godine u Indiju poslao ljevičara Sira Stafforda Crippsa sa zadatkom da osmisli plan za uvjetovanu i poprilično ograničenu neovisnost Indije. Kongres je tada odbio britanski prijedlog te je u kolovozu iste godine pokrenuta nacionalna "Satyagraha". Naravno, Britanci su za propast pregovora okrivili Gandhija, a u studenom 1942. godine Churchill je izrekao poznatu rečenicu: "Nisam postao kraljev premijer da bih podupirao uništenje Britanskoga carstva." 

U kolovozu 1942. godine Gandhi je zatražio da Britansko carstvo zauvijek napusti Indiju te je članovima Kongresa poručio kako se od tog trenutka trebaju smatrati slobodnima od britanske vlasti. Gandhi i drugi lideri Kongresa odmah su uhićeni i zatočeni u palači Aga Khan u Poonai. Zbog toga se građanski neposluh ubrzo pretvorio u nasilje za koje je kraljevski namjesnik lord Linlithgow optužio Gandhija. S obzirom na to da nikada, ni u jednom trenutku života, nije zagovarao nasilje, Gandhija je optužba šokirala te je putem pisama pokušavao komunicirati s namjesnikom. Budući da mu ovaj nije odgovarao, Gandhi je u veljači 1943. godine gladovao 21 dan kako bi prekinuo zastoj u pregovorima. Iako je uspio preživjeti, od tada pa nadalje zdravlje mu se ozbiljno narušilo. 

Dana 22. veljače 1944. godine, dok su zajedno bili u zatvoru, preminula je Gandhijeva supruga Kasturbai, a on je pušten na slobodu 6. svibnja u 74. godini života. U britanskim zatvorima u Indiji proveo je ukupno pet i pol godina. 

Neovisnost

Godine 1944. britanska vlada formalno je pristala na neovisnost Indije uz jedan preduvjet: da hindusi i muslimani riješe međusobne nesuglasice. Unatoč Gandhijevu protivljenju (odnosno četveromjesečnom maršu kroz Istočni Bengal) napeta situacija rezultirala je podjelom Britanske Indije na Indiju i Pakistan čime je stvorena zasebna muslimanska država. U ožujku 1947. godine, prilikom službenog susreta s Jinnahom i lordom Mountbattenom - posljednjim kraljevskim namjesnikom - Gandhi se iznova suprotstavio pristanku Kongresa na podjelu. 

U kolovozu 1947. godine, - mjesecu „konačne neovisnosti“ - Gandhi je započeo "gladovanje do smrti" kako bi spriječio eskalaciju nasilja između hindusa i muslimana u Calcutti. Uspjeh u tim nastojanjima potaknuo je Mountbattena, njegova velikog štovatelja, da Gandhiju napiše: "U Punjabu imamo 55 tisuća vojnika i ogromne nerede. U Bengalu imamo jednog čovjeka i nemamo nerede. Kao časnik i službenik, molim Vas da mi dopustite da izrazim duboko štovanje obrambenoj sili u tom jednom čovjeku. Trebali ste samo čuti entuzijastični pljesak kojim je 15. kolovoza Ustavotvorna Skupština pozdravila spominjanje Vašeg imena, kada smo svi mislili na Vas." 
Dan 15. kolovoza proglašen je Danom neovisnosti, no Gandhi je odbio prisustvovati proslavi jer se žestoko protivio podjeli države na Pakistan i Indiju. Nakon Calcutte otišao je u Delhi kako bi pokušao utjecati na sukobljene hinduse i muslimane.